Peale Eesti Vabariigi okupeerimist Nõukogude Liidu poolt 1940. aasta juunis algasid poliitilised, majanduslikud ja sotsiaalsed ümberkorraldused. Tööstus ja kaubandus natsionaliseeriti, riigistati erafirmade vara. Kõik tehased-vabrikud, kus töötas üle 20 töölise ning kõik mehaanikatöökojad, kus töötas rohkem kui 10 töölist, sundriigistati esmajärjekorras 1940. aasta sügiseks. Kogu Eesti majanduse riigistamine viidi lõpule 1941. aasta suveks.J. Kahk, E. Tarvel. Teise maailmasõja ja nõukogude okupatsiooni aastad 1949-1991. www.okupatsioon.ee. Kõik Tartus asunud autoremondiettevõtted koondati riiklikuks autoremonditöökojaks 1. aprillil 1941. aastal. Eraettevõtteilt natsionaliseeritud sõidukeist moodustati kaks riiklikku transpordiettevõtet – bussipark Rool ja veoautopark Sidur. Kõik auto- ja bussijuhid suunati tööle kahte loodud riigiettevõttesse. Veoautopargi Sidur kontoriks sai ajutiselt eramaja aadressil Filosoofi tn 7 ning töökojaks endine V. Rosenbergi TÜ Rool töökoda aadressil Filosoofi 1. Siduri ajutine garaaž asus Kastani tänaval Tiigi sauna kõrval. Sidurisse suunati 1941. aastal tööle kokku 20-25 autojuhti.
Sama aasta juulis Eesti pinnale jõudnud sõjas purustas sakslaste eest taganev Punaarmee suure osa Tartu linnast. Varemeiks muutus ka enamus sõjaeelsete remonditöökodade hooneid ning kaduma läks suur osa vabariigiaegsest veoauto- ja bussipargist. Töökodadest jäid terveks vaid Tiigi ja Ülikooli tänavail paiknenud Rotermanni ja Rosenvald & Ko hooned.
A lanud Saksa okupatsioon majanduses suuri muudatusi ei toonud. Sakslased olid huvitatud eeskätt kohalike ressursside kasutamisest armee idarinde varustamiselEesti 1940-1991. Okupatsioonide muuseum. www.okupatsioon.ee. Saksa okupatsioonivägede saabudes, võeti endine Rotermanni töökoda Tiigi tänaval sõjaväe tagalateenistuse remondiüksuse H.K.P. 604Heereskraft fahrpark 604, Saksa armee autopargi remonditöökoda. kasutusse. Rekvireeriti enamus veel liikumisvõimelistest veoautodest ja bussidest, puutumata jäid vaid remondis olevad masinad. Hiljem võeti tagalavarustuse viibimise tõttu lisa ka seisvatest autodest varuosade näol. Saksa okupatsiooni aastatel oli Tartus suhteliselt rahulik aeg. Tegeldi linna varemetest puhastamisega. Autotranspordi vallas moodustati Tartu Linna Liiklus- ja Transpordiamet, mis tegeles tagala varustamisega toiduainete ja ehitusmaterjalidega. Aastail 1941-1942 müüs Saksa sõjavägi oma laoplatsil seisvaid, punaarmeest maha jäänud veoautosid neile endistele auto- ja bussijuhtidele, kellelt varem olid sõidukid rekvireeritud. Juhid koos autodega suunati tööle Tartu Transpordiametisse, tööülesanneteks anti idarinde varustamisega seotud veotööd.
1944.aasta hilissuvel sõjategevuse aktiviseerumisel Eestis ja rinde lähenemisel Tartule, põgenes osa Transpordiameti koosseisu kuulunud veoautoomanikke koos autodega sõja eest Põltsamaale, sealt edasi Harjumaale. Kaheksaautoline kolonn redutas Pikknurme metsades. Pärast rinde üleminekut 1944. aasta septembris naasis enamus neist Tartusse. Laastatud linnas olid töökodadest alles jäänud vaid Tiigi tänaval asunud endine Rotermanni autoremonditöökoda ja ülikooli taga, Peeter Põllu tänaval asunud Rosenwald & Ko remonditöökoda. Linnas oli alles 4 veoautot. Nõukogude okupatsiooni naasmisel 1944. aasta 25. augustil, alustasid võimuorganid kohest enesekehtestamist ka Tartu linnas. Oktoobri alguses moodustati ENSV Rahvakomissaride Nõukogu juurde Autotranspordi Peavalitsus (ATP), millele allusid autobaasid suuremates linnades. Tartus koondati sõjast alles jäänud sõidukid, autojuhid ja -remonditöölised kokku Tartu Autotranspordibaasi nr 4. Autobaasile allus linna ühistransport ning kaubavedu. Sõidukiparki täiendati hiljem mitmete trofeemasinatega Kuramaalt nn “Kura kotist” ja Königsbergist (al 1946. a Kaliningrad), mis olid sinna maha jäänud sõjategevuse lõppedes 1945. a mais. Sõjapaos olnud veoautod, Kuramaalt ja Kaliningradist lisaks toodud sõidukid ning mõned Saksa okupatsioonivägede poolt tartlaste kätte müüdud masinad panid aluse sõjajärgsele Tartu veoautopargile. Peale sõja lõppu kuulus Tartu Autotranspordibaasi koosseisu 16 veoautot ja bussi.